La basilique s'élève sur l'emplacement d'un cimetière gallo-romain qui habrite la sépulture de saint Denis, le premier évêque de Paris, martyrisé vers 250. Au IVe siècle, un mausolée fut élevé à l'emplacement du maître-autel actuel et fit déjà l'objet d'un culte. Puis, vers 475, sainte Geneviève acheta les terres alentour et fit construire une église.

Abbatiale carolingienne de Saint-Denis, vestige d'une base de colonne : socle de pierre carré de 1,20 m de côté sur 0,65 m de hauteur.
L'église fut agrandie une seconde fois sous Dagobert Ier qui y fit placer vers l'an 630, les corps de saint Denis et ses deux compagnons, le prêtre Rustique et le diacre Éleuthère. Dagobert Ier fut le premier roi des Francs à être inhumé en l'église de Saint-Denis. Sous les Mérovingiens et les Carolingiens, cette nécropole royale partagea ce privilège avec d'autres églises. Vers 650, furent créés le monastère et une série de sanctuaires secondaires dédiés à saint Barthélemy, saint Paul et saint Pierre. Les liens privilégiés que l’abbaye de Saint Denis entretenait avec la royauté mérovingienne se renforcent sous les Carolingiens. En 741, les funérailles de Charles Martel inaugurèrent une deuxième série d’inhumations royales dans la basilique.
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